不会R语言也能作出高大上的科研图片

R语言是用于统计计算和统计制图的优秀工具,相比其他语言,R在语法层面提供了更加丰富的数据结构操作并且能够十分方便地输出文字和图形信息,所以它广泛应用于数学尤其是统计学领域。

正因为其强大的功能,所以R在使用起来的门槛也更高,又因其为一门计算机语言,没有图形操作界面,让很多新手望而却步。


但是不用R也是可以绘制出高质量的图片的,现在有很多在线工具和类似的图形界面的统计软件,这里给大家介绍几个。

1、仙桃学术

仙桃学术是上海二冬教育科技有限公司旗下品牌,致力于让每一位医生/医学生提升科研效率,轻松搞定SCI论文写作和生物信息学数据分析。

网站地址:

https://www.xiantao.love/

目前仙桃学术共有 5 大模块:

①仙桃文献:可以快速检索文献,方式和结果与Pubmed类似;

②生信工具:可以进行一些常见的生信统计相关的分析以及结果可视化,帮助科研工作者快速完成生信分析,远离学习R语言的烦恼;

③写作工具:论文写作辅助工具,输入中文进行语句搜索,可以快速匹配精选英语SCI例句,并展示句子使用语境,大幅提升英文写作效率;

④数据集检索:可以检索、分析数据集,数据检索分析一站式完成;

⑤数据库索引:可以索引常用的生物医药常用数据库。

下面主要介绍一下仙桃学术的生信工具模块

仙桃学术最核心的模块就是生信工具了,使用该工具完全能够实现不学R语言就能轻松完成生信分析绘图,分分钟完成生信文章。

根据官网介绍,仙桃学术生信工具主要有四大亮点,确实很贴合其使用感受,大家可以体验一下。

①最全生信分析模块持续更新

基础绘图,差异表达,富集分析,互作网络,临床意义5大功能类型,22个常规分析模块已全部上线,满足几乎所有TCGA数据库常规分析要求。GEO数据库数据清洗及最新生信分析套路模块未来持续更新。

②发表级别图片无脑快速输出

TCGA数据已全部清洗到服务器,支持随时调用,常规分析绘图速度极快,可实现几秒内快速出图。同时所有工具分析结果支持在线拼图直接输出发表级别图片。

③数据统计作图参数调整灵活

工具具备根据上传数据自动匹配统计分析方法、图片风格等参数功能。同时提供多种个性化参数调节功能包含统计分析方法、图片配色、字体、文本内容。

④配套线上实操训练营长期开班

训练营是提升工具使用效率的最佳路径。通过生信文章复现、作业、答疑等形式全面了解生信工具功能模块使用方法,达成快速发表生信分析文章目的。

当然,我们更关注仙桃生信工具能完成哪些绘图工作,主要可分为七个模块:基础绘图、表达差异绘图、功能聚类绘图、交互网络绘图、临床意义绘图、数据集模块以及实验分析模块

基础绘图模块包括:生存曲线、相关性散点图、点图、线图、折线图、配对图、分组比较图 (点/箱/柱/小提琴图)、柱状图(叠加/比例/分组)、豆荚图、山峦图(直方图)(数据分布)、韦恩图、UpSet图(多组交集)、诊断性ROC、时间依赖ROC、森林图、误差线图、哑铃图、细胞毒IC50(OD)、相关性热图、棒棒糖图、简易ID转换(人源)、饼图、雷达图、桑基图等。

表达差异模块包括:表达差异绘图、PCA图、火山图、复杂数值热图、环形热图、聚类树状图等。

功能聚类模块包括:GO/KEGG富集分析(人源/小鼠/大鼠)、GO/KEGG可视化、GO/KEGG可视化网络、GOKEGG(联合logFC)分析、GSEA富集分析(可视化分析、山峦图)等。

交互网络模块包括:免疫浸润绘图(棒棒糖图/散点图/分组比较图)、分子相关性分析(散点图/单基因相关性分析/单基因相关性筛选)、DNA甲基化(分子表达相关)、相关性可视化(和弦图)、STRING蛋白互作分析及高级网络图等。

临床意义模块包括:临床相关性分析、基线资料表、ROC曲线(自选变量)、Logistics回归分析(单基因Logistics回归)、预后分析(KM曲线图/亚组KM图/时间依赖性ROC曲线/单|多因素Cox回归/预后列线图(NomogRAM)/预后Calibration分析/Calibration可视化/风险因子图(Risk Score)/Lasso系数筛选/Lasso变量轨迹图/预后DVA图)等。

数据集模块包括样本归一化箱式图、PCA图、UMAP图、火山图、热图等。

实验分析模块包括qPCR实验分析与可视化。

下面我们以诊断性ROC曲线的绘制为例为大家演示如何使用仙桃学术生信工具完成绘图。

在界面左侧的导航栏选择需要绘制的图片类型,之后上传自己的数据文件,在参数面板可以修改绘制图形的样式,如线条粗细、标题、图注等。仙桃学术生信工具还提供了多种配色方案可供选择,每种方案都很美观,一键便可应用。设置完成后,点击“确认”按钮即可绘制图形。

绘制完成后,直接可查看绘制结果,可以选择自己需要的格式进行下载,图片格式可以满足期刊的要求,基本不需要二次加工,是不是十分方便呢。

2、Veusz

科研绘图不止于Origin。免费Veusz最大的优势!

Veusz是Jeremy Sanders博士在读博做科研期间,发现其他绘图软件的很多功能并未站在使用者的角度设计,故他自己重新编写了一个小巧且非常适合科研人员绘制科研数据图的软件。

Veusz软件界面非常友好,操作逻辑跟常用绘图软件相似,让你轻松上手。绘图效果非常专业,Jeremy Sanders博士比你更懂数据展示!如果你担心Veusz功能不够强大,那你就多虑了!导入数据、常见数据集、源码编译、文本标注、各种3D绘图不在话下,数据拟合也是小菜一碟。

Veusz是一个用来绘制各种科学图表的Python程序库,并且可在Windows,Linux / Unix和MacOS上运行,支持矢量和位图输出,包括PDF,Postscript,SVG和EMF文档。包含一个易用的图形化界面,同时也有一些命令行接口以便直接在Python程序中调用。软件占用内存极小,仅24MB不到,相对Origin的600MB,真是轻巧。

下载地址链接:

https://veusz.github.io/.

图片来源:网页来源

3、SciDAVis

SciDAVis是一款跨平台的免费开源科研绘图软件,基本使用功能和Origin 相同,而且可以打开Origin创建的文件,用于交互式科学图形和数据分析。

开发始于2007年,是QtiPlot的分支,而QtiPlot则是Origin的克隆,推荐大家使用。简单来说就是一款免费版的Origin,支持Windows、Mac和Linux全平台的操作系统。

SciDAVis官方版是一款相当出色的专业化科学绘图工具,SciDAVis最新版功能强劲,能够帮助用户轻松进行作表、矩阵、图表、注释等等一系列绘图操作,SciDAVis软件操作界面十分简洁,便捷好用,还支持多级撤销功能,防止出错,图形还可以输出到各种格式,比如svg格式(矢量图)。软件界面展示不用汉化破解,操作界面逻辑十分友好。

SciDAVis同时解决了Origin多语言支持问题,语言切换方法步骤:点击Edit-Preferences,Application-Language下拉菜单里,就可以选择中文了。支持英文、中文、日文和法文在内的十余种语言。不仅轻巧上手快,最重要的是多平台免费使用!

图片来源:网页来源

下载地址链接:

http://scidavis.sourceforge.net/

但是话说回来,R语言虽然说学习门槛比较高,但是它的功能实在是太强大了,如果大家日常工作中需要经常使用统计绘图软件,小编推荐大家还是学习一下~

投必得学术之前也发过R语言的学习方法,大家可以参考一下~

​​​R语言学习笔记(五)——曼哈顿图 R语言学习笔记(四)—pheatmap R语言学习笔记(三)——实用的内置函数 R语言学习笔记(六) -离散型数据的模型预测1 跟投必得学习R语言:第一讲 R-基本介绍及安装 ​有了这款高效生信分析绘图神器,还学什么R语言 手握这些网站,分分钟搞定R语言自学

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